第二天，队伍正在行进的时候，忽然狂风猛烈地刮起，昏沉沉的雾气遮蔽了天空。董卓又问李肃：“这是什么祥瑞之兆吗？” 李肃回答道：“主公您即将登上皇位，必然会有红光紫雾出现，以此来壮大您的天威啊。” 董卓再次满心欢喜，没有丝毫怀疑。

等来到长安城外，文武百官都出城迎接。只有李儒抱病在家，没能前来迎接。董卓进入相府后，吕布前来祝贺。董卓对吕布说：“我要是登上皇位，你就担任天下兵马的总督。” 吕布赶忙下拜称谢，当晚便在董卓营帐前休息留宿。

当天夜里，有十几个小孩在郊外唱歌，歌声随着风飘进了营帐。歌词唱道：“千里草，何青青！十日卜，不得生！” 歌声听起来十分悲切。董卓又问李肃：“这童谣预示着什么吉凶呢？” 李肃回答说：“这也不过是说刘氏将要灭亡、董氏即将兴盛的意思。”

第二天一大早，董卓摆着仪仗入朝，忽然看见一个道士，青袍白巾，手拿长竿，上面绑着一丈长的布，两头各写着一个“口”字。董卓问李肃：“这个道士什么意思？”李肃说：“是个有心病的人。”叫士兵把他赶走。董卓进朝，群臣都穿着朝服，在路上迎接。李肃手拿宝剑扶车而行。到了北掖门，士兵都挡在门外，只有御车二十多人一同进去。董卓远远看见王允等人各拿宝剑站在殿门，吃惊地问李肃：“拿剑是什么意思？”李肃不回答，推车就进。王允大喊：“反贼来了，武士在哪里？”两旁转出一百多人，拿着戟挺着槊刺他。董卓穿着铠甲刺不进去，伤了胳膊掉下车子，大喊：“我儿奉先在哪里？”吕布从车后厉声说：“有诏讨贼！”一鼓作气刺中咽喉，李肃早就割下头来。吕布左手拿戟，右手从怀中拿出诏书，大喊：“奉诏讨贼臣董卓，其余的不问！”将吏都高呼万岁。

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后人有诗感叹董卓说：“霸业成功就是帝王，不成功也只是富家郎。谁知天意没有偏心，郿坞刚建成就灭亡。”

却说当时吕布大喊：“帮助董卓作恶的，都是李儒！谁可以抓住他？”李肃主动要求去。忽然听见朝门外喊，有人报告李儒家的奴仆已经把李儒绑起来献上。王允命令绑到街市斩首；又把董卓的尸体，命令挂在路口示众。董卓尸体肥胖，看尸体的士兵把火放在他肚脐里当灯，油流满地。百姓路过，没有不扔他的头，踩他的尸体的。王允又命令吕布和皇甫嵩、李肃带领五万兵，到郿坞抄查董卓的家产、人口。却说李傕、郭汜、张济、樊稠听说董卓已死，吕布将到，就带着飞熊军连夜奔向凉州去了。

吕布到郿坞，先找到貂蝉。皇甫嵩命令把坞里藏的良家女子，全部释放。只要是董卓的亲属，不分老幼，全部杀掉。董卓的母亲也被杀。董卓的弟弟董旻、侄子董璜都被斩首示众。抄查坞里藏的东西，黄金几十万，白银几百万，绸缎、珠宝、器具、粮食，多得数不清。回报王允。

王允于是大宴士兵，在都堂召集众官，斟酒庆贺。正喝酒间，忽然有人报告说：“董卓的尸体在街上，忽然有一个人趴在尸体上大哭。”王允生气地说：“董卓被杀，士大夫以及百姓没有不称贺的；这个人是谁，竟敢独自哭泣？”于是叫武士：“给我抓来！”一会儿就抓来了。众官一看，无不惊骇：原来那人不是别人，是侍中蔡邕。王允呵斥说：“董卓是逆贼，今天被杀，是国家的大幸事。你是汉朝的臣子，却不为国家庆贺，反而为贼人哭泣，为什么？”蔡邕认罪说：“我虽然没什么才能，也知道大义，怎么肯背叛国家而倾向董卓？只因一时受到他的知遇之恩，不知不觉为他哭了一声，自己知道罪过大。希望您能原谅：如果能让我脸上刺字、脚上砍断，让我继续完成汉史，来弥补我的罪过，那是我的幸运啊。”

众官都爱惜蔡邕的才能，都尽力救他。太傅马日磾也私下对王允说：“蔡邕是旷世难得的奇才，如果让他继续完成汉史，实在是盛事啊。而且他的孝行一向显着，如果突然杀了他，恐怕会失去人心。”王允说：“从前汉武帝不杀司马迁，后来让他写史书，结果谤书流传后世。现在国家运气衰微，朝廷政事混乱，不能让奸臣在幼主身边写东西，让我们蒙受他的讥讽啊。”马日磾无话可说，退下去，私下对众官说：“王允大概没有后代了吧！好人，是国家的楷模啊；着作，是国家的典籍啊。毁灭楷模、废弃典籍，怎么能长久呢？”当时王允不听马日磾的话，命令把蔡邕关进监狱用绳子勒死。当时士大夫听说的，都为他流泪。

后人评论蔡邕哭董卓，固然不对；王允杀了他，也太过分了。有诗感叹说：“董卓专权肆意不仁，侍中何必竟然丧命？当时诸葛亮在隆中睡觉，怎么肯轻易侍奉乱臣。”